百日咳の診断基準は、日本小児呼吸器疾患学会と日本小児感染症学会が07年4月に発表した「小児呼吸器感染症診療ガイドライン2007」の中で示されている。「百日咳診断の目安2006（案）」がそれだ。現在は、これを基に国立病院機構福岡病院統括診療部長の岡田賢司氏が改良を加えた「百日咳診断基準（案）2008」が公表されており、成人の診断の参考にも使われている。ただし、臨床現場での確定診断は難しいのが実情だ。

　百日咳の確定診断に欠かせないのは、実験室診断だ。発症から4週間以内の受診者の実験室診断は、百日咳菌の分離培養または遺伝子診断、血清診断で行う。百日咳菌の分離培養は所要時間も短く、確定診断の基本となる。ただし、一般的に百日咳菌の分離率は発症から時間が経てば経つほど低くなる。そこで、最近は遺伝子診断が注目されている。

　岡田氏は「特にLAMP法は、PCR法のように高価な機器も必要がない上、感度も良く、発症後4週以降も抗原を検出できる可能性が高い」と評価する。今のところ、遺伝子診断は保険適用されておらず、集団発生など限られたケースにしか利用できないものの、今後の開発によっては発症後早期の診断により広く使われるようになるかもしれない。